C'est à partir de 1540 que naissent les premières églises réformées normandes,Pour Elbeuf, les sources sont confuses: dépendance de Rouen ou de Pont-Audemer, on ne sait exactement. Il semble exister un culte de fief au domaine de Jean MUSTEL, avocat du Roi près le bailliage, Seigneur de Bosroger (en Roumois? de Bouquetot?) en 1562. On y, apprend également que les réformés., à Bosc-Bénard vers 1570 au moment des guerres de religion. Enfin, l'existence d'un "presche" (lieu de culte) est attestée au château de la Mésangère (à Boscguérard de Marcouville) en 1581. Vers 1560, il semblerait que près du quart de la population d'Elbeuf soit acquis au protestantisme (artisans et ouvriers du textile surtout), ce qui équivaudrait à la proportion observée en 1565 à Rouen: 16.000 réformés sur 80.000 habitants (soit 21 %). C'est alors que commencent en Normandie les guerres de religion, ponctuées par les paix d'Amboise en 1563 et de Saint-Germain en 1570. Cette dernière n'autorise plus le culte réformé que dans les faubourgs de Carentan et Pont-Audemer, pour toute la province. En 1572, la Saint-Barthélemy frappe avec violence: on relève 500 morts à Rouen! Après 1580, les troubles de la Ligue provoquent un quatrième exil de quelques protestants normands. Enfin Henri IV met fin aux troubles par l'Edit de Nantes en 1598: il y a alors 6 colloques (circonscriptions regroupant des églises géographiquement proches - ce terme fut ensuite remplacé par celui de «consistoire») en Normandie regroupant 58 églises. Hostile à cet Edit, le Parlement de Rouen ne l'enregistre qu'en 1609, mais le Roi l'avait fait appliquer dès 1599 par l'envoi de commissaire spéciaux chargés de fixer les lieux de culte. Leurs rapports n'ont pas été retrouvés. Mais, en général, ces lieux étaient sis dans les faubourgs ou, en campagne, dans un lieu désigné ou accepté par les commissaires, ou bien encore sur les terres d'un Seigneur Huguenot. A Rouen, il ne s'y trouve plus que 6.000 réformés (moins de 7% de la population), mais ils disposeront à partir de 1601 d'un nouveau temple au Grand-Quevilly, «de forme polygonale de 30 mètres de diamètre» (!). Les Elbeuviens s'y rendirent probablement.